临床医学部成立于2014年，坚持南京医科大学“博学至精，明德至善”的校训精神，努力培养学生“学做人，学知识，学谋生”。目前系部设有临床医学专业、临床医学专业（全科医学方向）和急诊医学、麻醉学两个特色班，成立了24个教研室,2个实训中心。依托南京医科大学、附属连云港市第一人民医院和其他医院的优质教育教学资源，独立组织教学，建立起一支自有专职教师、长期外聘、兼职教师相结合的师资队伍。自建17所附属医院，4所临床医学院和13所教学医院。

系部从实际出发，坚定不移地围绕“服务社会、重在基层”的方向定位和“以人为本”的办学理念，探索以应用性、实践性为基本特征的教育体系。特别是在课程结构和教学内容体系上，加大实践教学在人才培养中的比重，以人才培养为核心，以教学基本建设为重点，以加强师资队伍建设、校内外实训基地建设和教材建设为保障，深入开展教学方法和教学手段的改革，加强素质教育和实践教学，提倡早期接触临床，利用模拟教学进行临床操作基本技能的初步训练，培养实用型临床人才，努力适应未来社会发展的需求。

学院现有诊断、外总、基础等实训中心，同时应用附属医院临床技能实训中心。2018年学院对标国际标准，投入600万元用于OSCE考站建设。36名标准化病人（SP）参与日常教学及各类竞赛、考核，提高教学质量，使学生在见习、实习的初始阶段能够迅速进入医院工作状态。